根据您提供的信息，对于建造师脱离建设工程施工管理及相关工作连续二年以上的情况，应当：

答案是：C、重新注册。

解析：
依据《建造师注册管理办法》的相关规定，如果一个注册建造师脱离建设工程施工管理及其相关工作岗位连续2年（含2年）以上，原注册管理机构将会注销其注册。这就意味着，当该建造师想要重新从事建设工程施工管理工作时，需要重新进行注册。

具体流程可能包括：
1. 满足重新注册的条件，比如完成规定的继续教育学时等。
2. 向原注册管理机构提交重新注册的申请。
3. 通过相关部门的审核，包括对职业道德、专业技术能力的考核。
4. 重新取得注册证书，方可从事建造师职业。

所以，对于提问者的问题，如果建造师脱离建设工程施工管理连续两年以上，想要重新开始从事相关工作，应选择“C、重新注册”。希望这个回答能够帮助到您，如果有其他疑问，也欢迎继续提问。祝您工作顺利！