如果分公司的营业执照已经注销，但税务登记证未注销，可能会导致以下问题：

1. 继续收到税务局的税务通知和缴税通知，需要及时处理并缴纳相关税费。

2. 未注销的税务登记证可能会被其他人或公司恶意使用，导致公司名誉受损或其他法律问题。

3. 未注销的税务登记证可能会影响公司信用等级，从而影响公司的融资和业务发展。

因此，建议在注销营业执照后及时办理税务登记证的注销手续，以避免以上问题的发生。