根据中国的劳动法律法规，以下是针对您提出的问题的详细解答：

1. 实习协议与劳动合同的区别：
- 实习协议：通常是针对在校学生或刚毕业的学生，为了在职场中获取实践经验而与公司签订的一种协议。实习协议通常期限较短，重点在于学习和实践。
- 劳动合同：是劳动者与用人单位确立劳动关系，明确双方权利和义务的协议。

2. 合法性解释：
- 如果您已经毕业，且与公司签订的是实习协议而不是劳动合同，这在一定条件下是合法的。根据《劳动合同法》规定，实习生的实习期限一般不得超过六个月。
- 如果您是以实习生的身份在工作，且公司未与您签订劳动合同，这通常是被允许的，但前提是您的身份确实是实习生，且实习期限符合法律规定。
- 如果您的实际工作内容、工作时间和工作条件与正式员工无异，且持续时间较长，那么公司仅与您签订实习协议而不签订劳动合同，可能违反了《劳动合同法》的规定。

3. 注意事项：
- 毕业生在签订实习协议时，应仔细阅读协议内容，确保自己的权益不受侵害。
- 如果您的实习期限超过六个月，或者实习内容与正式工作无异，建议与公司签订正式的劳动合同，以保障自己的权益。

总结：对于已经毕业的大学生，如果与公司签订的是实习协议且符合实习期限等法律规定，这在一定程度上是合法的。但请注意协议内容，确保自己的权益。如有疑虑，建议咨询专业律师。

希望以上回答对您有所帮助，如有其他问题，请随时提问。祝您工作顺利！