制药有限公司外贸跟单员主要负责以下工作：

1. 跟进订单：根据客户订单要求，跟进生产进度，确保按时交货。

2. 联系客户：与客户保持良好的沟通，及时回复客户咨询和问题。

3. 安排物流：负责安排产品的发货和物流运输，确保产品安全送达客户手中。

4. 处理售后问题：协助客户解决售后问题，及时处理客户的投诉和退换货请求。

5. 维护客户关系：定期拜访客户，了解客户需求，维护良好的客户关系。

6. 市场调研：了解市场行情和竞争对手情况，为公司提供市场分析和建议。

7. 协助其他部门：与生产、质检、财务等部门协调配合，确保订单的顺利完成。