首先，如果在二级建造师考试的准考证号位置填写成了档案号，并且已经使用签字笔涂改了，这确实可能会带来一些困扰。以下是一些建议和步骤，希望能够帮到您：

1. **冷静处理**：首先请保持冷静，准考证信息错误是可以解决的。

2. **及时联系**：请尽快联系考试组织方或者考点工作人员，说明情况。不同的考试机构对于这种情况的处理方式可能有所不同。

3. **备齐材料**：准备好身份证、准考证（尽管有涂改）、以及其他可能需要的材料，以便工作人员核实身份。

- **说明情况**：清晰、准确地说明准考证号填写错误并涂改的情况，并表达您希望得到帮助的意愿。

4. **寻求官方解答**：以下是可能采取的措施：

- 如果考试尚未开始，工作人员可能会允许您更换新的准考证，但这通常需要一定的程序和费用。
- 如果考试已经开始或即将开始，考点可能会根据情况作出特殊处理，比如在系统中备注您的正确准考证号，或者提供其他解决方案。

5. **注意事项**：

- 通常情况下，考试信息不得私自涂改，但如果是因为无意中填写错误，并且及时汇报，一般可以得到理解和支持。
- 请遵循工作人员的指引，按照规定的程序进行下一步操作。

6. **预防措施**：

- 未来在填写任何重要文件时，尽量使用铅笔先进行草稿填写，确认无误后再用签字笔正式填写。
- 填写完毕后，仔细检查，确保所有信息准确无误。

最后，希望您能够顺利解决这一问题，并且以后的考试中都能够一帆风顺。如果还有任何疑问或需要帮助，请随时联系工作人员或者咨询专业人士。祝您好运！