首先，很高兴回答你的问题。关于你能否以农业机械化及自动化专业大二本科生的身份考二级建造师，需要从以下几个方面来分析：

1. 报考条件：根据我国相关法律法规规定，二级建造师报考条件主要包括以下几点：
- 具有工程或相关专业的大专及以上学历；
- 具有一定年限的相关工作经验。

从你的专业来看，农业机械化及自动化属于工程相关专业，所以专业背景上你是符合报考条件的。

2. 学历要求：你目前是大二本科生，尚未取得毕业证书。一般来说，二级建造师考试要求具有大专及以上学历，因此你需要等到毕业并取得学历证书后才能报考。

3. 工作经验：二级建造师报考条件中要求具有一定年限的相关工作经验。由于你还在读书，可能暂时不具备这一条件。但你可以关注一下相关政策，了解是否可以提前积累工作经验。

综上，从专业背景来看，你是具备考二级建造师的资格的。但需要等到毕业后取得学历证书，并积累一定的工作经验才能报考。

希望以上回答能对你有所帮助，如有其他疑问，请随时提问。祝你学业进步，未来能够顺利考取二级建造师！